Στο δεύτερο συνέδριο της το 1919 συζητήθηκε η πρόταση της ένωσης των δύο συνδικάτων, ενώ ψηφίστηκε η προσχώρηση της CNT στην λεννινιστική Γ' Διεθνή. Μετά, όμως, από μια επίσκεψη του γενικού γραμματέα της Ανχελ Πεστάνια στην ΕΣΣΔ αποφασίστηκε η αποχώρηση της από την κομμουνιστική διεθνή και η ένταξη της το 1922 στην Διεθνή Ομοσπονδία Εργατών (IWA/AIT).
H CNT τέθηκε εκτός νόμου για δεύτερη φορά το 1923 με την εγκαθίδρυση του δικτατορικού καθεστώτος του Πρίμο Ντε Ριβέρα. Τέσσερα χρόνια αργότερα τα πιο μαχητικά της μέλη ίδρυσαν στην Βαλένθια την FAI (Federación Anarquista Ibérica - Αναρχική Ομοσπονδία Ιβηρικής). Μετά την πτώση της δικτατορίας το 1930 η CNT έγινε και πάλι νόμιμη, αλλά συχνά οι απεργίες που διοργάνωνε κατέληγαν σε αιματηρές συγκρούσεις με την αστυνομία και τον στρατό, με αποκορύφωμα την εξέγερση στις Αστούριες το 1934.
Στις εκλογές του 1936 κάλεσε τα μέλη της σε αποχή και να μην στηρίξουν το Λαϊκό Μέτωπο, το οποίο συγκρότησαν το Σοσιαλιστικό Κόμμα, το Κομμουνιστικό Κόμμα και άλλες μικρότερες αριστερές συσπειρώσεις. Η επιρροή της CNT έφτασε στο απόγειο της παραμονές του εμφυλίου πολέμου. Ο Αγγλος ιστορικός Χιού Τόμας, αν και εχθρικά διακείμενος προς τους αναρχικούς, εντούτοις στο έργο του «Η ιστορία του Ισπανικού Εμφυλίου Πολέμου» ? παραδέχεται ότι την υποστήριζαν περισσότεροι από 2 εκ. εργάτες.
Το μεγάλο έπος της CNT διαδραματίστηκε στον ισπανικό εμφύλιο ?(1936-1939). Η πολιτοφυλακή της υπό της καθοδήγηση του Μπουεναβεντούρα Ντουρρούτι κατέστειλε μέσα σε μια μέρα το φασιστικό πραξικόπημα που εκδηλώθηκε στη Βαρκελόνη στις 19 Ιουλίου του 1936. Κατόπιν οι επιτυχίες της «Ταξιαρχίας Ντουρρούτι» στο μέτωπο της Αρραγωνίας, είχαν αποτέλεσμα να εγκαθιδρυθούν αναρχικές κολεκτίβες στην Καταλονία και στην Αρραγωνία. Ο αναρχισμός για πρώτη φορά εφαρμοζότανε στην πράξη. Η θάνατος, όμως, του Ντουρρούτι, αλλά και η αντεπανάσταση των σταλινικών τον Ιούλιο του 1937 τελείωσαν το σύντομο καλοκαίρι της αναρχίας. Ορισμένες κολεκτίβες, πάντως, λειτούργησαν μέχρι το τέλος του εμφυλίου και χιλιάδες αναρχικοί πολέμησαν στις γραμμές του δημοκρατικού στρατού.
Μετά τη νίκη του Φράνκο το 1939, όπως ήταν επόμενο, η CNT κηρύχθηκε για τρίτη φορά εκτός νόμου, ενώ η ηγεσία της εγκαταστάθηκε στην γαλλική Τουλούζη. Η αντίσταση στο φασισμό, ωστόσο, συνεχίστηκε με σαμποτάζ και ένοπλες συγκρούσεις κυρίως στα Πυρηναία.
Μέχρι το 1960 που έλαβε τέλος το αντάρτικο των γκουερίλας έγιναν 1.866 μάχες με τις δυνάμεις ασφαλείας, 535 σαμποτάζ, σκοτώθηκαν 2.173 μαχητές, 420 δηλώθηκαν αγνοούμενοι και 19.340 αντιστασιακοί φυλακίστηκαν. Η απώλειες του φρανκικού καθεστώτος ήταν 307 νεκροί και 372 αγνοούμενοι. Περιβόητοι αναρχικοί γκουερίλας ήταν ο Φραντσίσκο Σαμπατέρ Λιόπαρτ (γνωστός ως Τσίκο Σαμαπατέ) και ο Χοσέ Λουϊς Φασέριας, οι οποίοι και σκοτώθηκαν το 1960. Το βαρύ κόστος του αίματος και οι χιλιάδες συλλήψεις αγωνιστών στην Ισπανία οδήγησαν την CNT να εγκαταλείψει την ένοπλο δράση.
Δύο χρόνια αργότερα, το 1962, ιδρύθηκε ο Αναρχικός Μαύρος Σταύρος που είχε σκοπό να βοηθήσει τους πολιτικούς κρατούμενους στην Ισπανία. Γρήγορα συγκέντρωσε τα πιο μαχητικά στοιχεία και το 1964 ένας εκ των ιδρυτών του, ο Σκοτσέζος Στιούαρτ Κρίστι επιχείρησε να σκοτώσει τον Φράνκο, αλλά συνελήφθη.
Η CNT έγινε και πάλι νόμιμη το 1975 με τον εκδημοκρατισμό της Ισπανίας. Είχε χάσει, όμως, την απήχηση στην εργατική βάση που είχε πριν τον εμφύλιο ?. Το 1979 μάλιστα, διασπάστηκε στην CNT/AIT και στην CNT/U, διότι υπήρξε διαφωνία για τη συμμετοχή στις εκλογές των εργατικών συνδικάτων.
Η πρώτη ομάδα διατήρησε το ιστορικό όνομα CNT κάτι που υποχρέωσε τη δεύτερη, η οποία τάχθηκε υπέρ της συμμετοχής να μετονομαστεί σε CGT (Confederación General del Trabajo-Γενική Συνομοσπονδία Εργασίας). Η CGT, ωστόσο, η οποία εντάχθηκε στην ILS (International Libertarian Solidarity-Διεθνή Ελευθεριακή Αλληλεγγύη) είναι πολύ μεγαλύτερη από την CNT με 60.000 μέλη και ισχυρή παρουσία στα συνδικάτα των σιδηροδρομικών, της βιομηχανίας της SEAT κ.α.
